在实验室生物安全意外事故中选择何种消毒方法，是有效防止病原体扩散的关键步骤。为此，了解病原微生物对于消毒因子的抵抗力，有助于正确选择合适的消毒方法。病原微生物对消毒因子的抵抗力，由强到弱的排序如下。
1.朊毒体，系感染性蛋白质，如人类克雅氏病的病原体。
2.细菌芽胞，如炭疽杆菌芽胞、艰难梭菌芽胞等。
3.分枝杆菌，如结核分枝杆菌、龟分枝杆菌等。
4.亲水类病毒，系无脂质包膜的病毒，如甲肝病毒、诺如病毒等。
5.真菌，如念珠菌、曲霉菌等。
6.细菌繁殖体，金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、霍乱弧菌等。
7.亲脂类病毒，系有脂质包膜的病毒，如乙肝病毒、埃博拉病毒等。
依据环境和物品表面使用的消毒因子杀灭病原微生物的能力，可将消毒方法分为高水平消毒、中水平消毒和低水平消毒三级水平。这个分级依据的是微生物本身固有的对物理或化学消毒剂的抵抗力来进行的分类，以此确定不同的环境和物品表面，结合所涉及的病原微生物的抵抗力，选择最适合的消毒水平。
高水平消毒可以灭活所有的细菌繁殖体、分枝杆菌、病毒、真菌和一些细菌芽胞。高水平消毒是指那些具有强有力的并可杀灭芽胞的物理和化学的方法。涉及实验室高水平消毒的主要物理方法包括：热力消毒(压力蒸汽灭菌法、干热灭菌法、微波和煮沸消毒法)、紫外线辐射和臭氧消毒等。化学类消毒包括：过氧化氢消毒、二氧化氯消毒、过氧乙酸消毒、甲醛消毒以及含氯消毒剂消毒等。应注意的是，通常在环境和物体表面消毒时应慎重使用这些高水平消毒剂，因为这些化学消毒剂具有一定的毒性与腐蚀性。因此，选用化学消毒剂应严格按照产品使用说明书执行，不应用于说明书以外的范围。
中水平消毒方法可以杀灭细菌芽胞以外的病原体和灭活包括结核分枝杆菌在内的病原微生物。因为分枝杆菌比普通的细菌繁殖体、真菌对化学消毒剂的抵抗力更强。中水平的消毒方法，物理的方法包括超声波消毒等，化学类方法包括醇类、碘类和双链季铵盐类消毒等，还有一些经过复配的消毒剂也能达到中水平的消毒能力。
低水平消毒可杀灭细菌繁殖体、有脂质包膜的病毒(如人类免疫缺陷病毒HIV和流感病毒)。低水平消毒方法，物理的方法包括：通风换气、流水清洗和表面擦拭等；化学消毒剂包括：季铵盐类(单链)、双胍类消毒剂等。清洁剂在一定程度上有助于表面的去污。
化学消毒剂的选择和使用须遵守产品的说明书、相关的技术指南等，应根据微生物特点与消毒表面的性质，选择正确的消毒剂，并不是只要选择高水平消毒剂就是对的，如被结核分枝杆菌污染的环境表面，采用高水平消毒剂戊二醛进行消毒是错误的，正确的选择是醇类消毒剂(中水平消毒剂)，虽然含氯消毒剂在一些实验室被经常使用，但这类消毒剂对人体和环境有一定危害作用。实验室应选用正规途径购置的消毒剂，因为正规的消毒剂具有明确的标识和技术资料，并在产品说明书中明确标注了用途及其抗微生物的范围。
影响环境与物品表面的消毒效果的因素包括：①被污染的病原微生物特点与数量；②被污染的环境和物品的性质；③被污染的病原微生物对消毒剂杀灭效果的天然抵抗力；④污染面的有机物存在与否和数量；⑤使用的消毒剂的类型和浓度；⑥消毒剂作用的时间和温度。
清洁是任何消毒措施的前提，清洁是通过清除干扰杀灭微生物作用的有机物、盐和可见污染物的过程，使环境和物品表面上病原微生物能充分接触消毒剂，达到有效的消毒效果。而清洁措施本身属于低水平的消毒措施，因为在去污的过程中，可以将包裹在污物中的病原微生物一起清除。洗涤剂、表面活性剂和流动水冲洗均能够去除环境和物品表面的微生物。如果没有有效地清除有机物等污染物，该消毒过程必定会失败的。因为有机物会中和消毒剂的杀菌功效，降低其杀灭作用，同时污染物质又会保护微生物，避免与消毒剂的接触。
在实施生物性意外事故处置程序中，一个非常重要的环节是，应根据事故发生性质，如含有生物标本的试管在操作台面倾倒，或从操作台面掉落地面等，进行快速而正确的判断，估算可能污染的范围。由于人类肉眼无法看见＜μm的微粒或液滴，因此，应将1～2m范围之内的所有环境和物品表面，均视为被潜在污染的对象，均应列入消毒的对象。如污染现场有破损的标本器皿存在，如破损的试管、培养皿等，首先应将这些物品收集至利器盒中，并彻底清除诸如碎玻璃类的物品。一旦环境表面有遗漏的碎玻璃类的物品，后续的消毒人员在实施擦拭消毒过程，极易扎破手部皮肤，为病原微生物入侵机体创造便利条件，给消毒人员留下极大的感染隐患。